En el año 2012 se han defendido diez tesis doctorales en la Facultad de Teología de Comillas. La variedad de temas investigados es muestra de la amplitud y la capacidad del claustro de Comillas. Las tesis de Comillas del 2012 han prestado gran atención a la patrística y la primera tradición cristiana: san Ireneo de Lyon, Hipólito, san Agustín. No se ha dejado de lado la mejor mística española: san Juan de la Cruz. Se han estudiado minuciosamente las aportaciones de teólogos de talla en el siglo XX: E. Peterson, A. Gesché. Se han asomado a temas difíciles, de fondo y de gran actualidad: el diálogo con el budismo, la autonomía moral, la teología contextual y ecuménica. Han emprendido campos innovadores: la iconografía bíblica como interpretación y transmisión de la Escritura. Este panorama tan rico como estimulante es un botón de muestra de la actividad investigadora del claustro de profesores.
Agrupados en cuatro grupos de investigación, en los últimos cuatro años los profesores de Teología de Comillas han publicado 45 libros propios, 97 capítulos en libros, 75 artículos en revistas indexadas y 153 artículos en revistas sin indexar. Han presentado 160 ponencias y comunicaciones en Congresos y Jornadas científicas.