WhatsApp Inc. fue fundada en 2009 por Jan Koum (quien había llegado desde Ucrania a Estados Unidos a principios de los años noventa según wp, sin hablar prácticamente inglés), y que había sido anteriormente el director del equipo de operaciones de plataforma de Yahoo! y el antiguo jefe del equipo de ingenieros de Brian Acton.
Originalmente, WhatsApp era una utilidad de agenda «inteligente» donde se podía ver qué estaba haciendo cada persona, a fin de saber si estaba disponible para hablar o si era mejor contactar con ella en otro momento, a través de SMS, etc. (What’s up?, cuyo significado se asemeja a ¿Qué tal?, ¿Qué hay?, ¿Qué pasa? o ¿Cómo te va?), en forma de programar estados específicos a determinadas horas. A diferencia de otras aplicaciones de comunicación como MSN o Aol, utiliza directamente la información de la libreta de contactos del usuario, evitando crear manualmente nombre de usuario y contraseña. Era originalmente una aplicación para dispositivos BlackBerry y más tarde, para iPhone. Los estados se podían difundir a todos los contactos o solo unos específicos, simulando un chat o conversación.
Por otro lado, WhatsApp Inc. ha recibido inversiones por valor de 10 millones de dólares por parte de la empresa Sequoia Capital. WhatsApp fue retirado de la AppStore el 14 de enero de 2012 durante cuatro días, según algunos, por fallos de seguridad. Esto ha sido desmentido por Brian Acton.
En marzo de 2013, WhatsApp anunció que la versión para Android, gratuita desde su creación, sería de pago por el primer uso; al cabo de 365 días de uso, sería obligatorio volver a pagar para extender el uso del programa un año más. Esto llevó a un progresivo declive de WhatsApp, favoreciendo otros competidores en los países donde la plataforma Android es dominante ya que el concepto de pagar por servicios de Internet y aplicaciones es inexistente.
El 19 de febrero de 2014, Mark Zuckerberg ―el creador de Facebook― anunció en su perfil personal la compra de la aplicación móvil WhatsApp por un importe total de 19 000 millones de dólares y aclaró que su decisión buscaba ampliar el número de usuarios en Facebook.
El 22 de febrero de 2014, tuvo unos fallos a nivel mundial; los responsables de WhatsApp reconocieron la caída del servicio en una cuenta de Twitter dedicada a informar de posibles fallos en la aplicación, @wa_status. «Lo sentimos, estamos experimentando problemas con los servidores. Esperamos estar recuperados y activos pronto». Una hora después de registrarse el problema, la aplicación Telegram informó también de una sobrecarga en su sistema, tras haber recibido «100 nuevos registros en el servicio por segundo». El día 2 de abril, hubo otro de estos fallos. El día 25 de mayo, a las 19 horas, se produjo un breve fallo que volvió a dejar a los usuarios sin servicio durante algo más de una hora.
En marzo de 2015, empezó a correr el rumor sobre una posible actualización en la aplicación que permitiría hacer llamadas de voz por medio de VoIP: esa actualización se distribuyó poco a poco entre los usuarios; suponiendo que para empezar a medir cuánto podrían soportar sus servidores. Finalmente se comenzó a habilitar dicha función por medio de la aplicación, inicialmente para sistemas Android, posteriormente para otros sistemas operativos. Para activarlo solo debían recibir una llamada de algún usuario que ya tuviera el servicio activo. Sin embargo, varios usuarios habrían confirmado haber recibido la actualización sin recibir ninguna llamada, esto hace pensar que probablemente la empresa ya habría estado liberando poco a poco la nueva función. Al igual que el servicio de mensajería, para hacer las llamadas se debe contar con servicio de Internet, ya sea por datos móviles o por medio de una conexión Wi-Fi.
Ese mismo año se lanzó WhatsApp Web, la cual permite utilizar WhatsApp en una computadora, sincronizando el teléfono con ella mediante un código QR. Se puede acceder siguiendo las instrucciones en web.whatsapp.com.
En 2016, se habilitó el cifrado de extremo a extremo, lo que impide que supuestamente nadie (ni siquiera la misma empresa) tenga acceso a los contenidos que se envían, solo el emisor y el receptor, sin embargo se descubrió un fallo en la seguridad de este , fallo que Facebook conocía.
