La debacle de la batalla de Villalar, supuso que el movimiento comunero en Castilla se diera de bruces con la cruda realidad, el movimiento comunero estaba herido de muerte.
Pese a los desesperados intentos de algunas ciudades comuneras, como Toledo, de mantener viva la rebelión, donde la “leona de Castilla”, la mujer de Padilla, Maria Pacheco se defendió del ejército imperial tras los muros del Alcazar hasta su rendición, poco a poco, el orden llegó, una a una, a todas las ciudades castellanas acatando las órdenes recibidas de restablecer al completo la autoridad del rey.

Batalla de Villalar. Pintura de Manuel Picolo López
El Perdón General de 1522
Desactivada ya toda actividad revolucionaria y con los imperiales al mando de las ciudades antaño comuneras, el rey Carlos I regresó a España el 16 de julio de 1522. Carlos I instaló su corte en la ciudad castellana de Palencia, desde donde no le tembló la mano para reprimir con mano de hierro a los que osaron enfrentarse a la corona.
Carlos I permaneció en Palencia hasta finales del mes de octubre, trasladándose a Valladolid, donde el 1 de noviembre de 1522, en su Plaza Mayor, se promulgó el Perdón General, que otorgaba la amnistía a quienes habían participado del movimiento comunero.
Pese al perdón otorgado, hubo un total de 300 personas, que tuvieron un especial protagonismo en al revuelta comunera, que fueron excluidas del Perdón General.
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María Pacheco llora la muerte de Padilla, Vicente Borrás.
Se estima que fueron un total de cien los comuneros ejecutados desde la llegada del rey, siendo los más relevantes Pedro Maldonado y el Obispo Acuña. María Pacheco tuvo mejor suerte, pues temiéndose lo peor, pudo huir a Portugal, exiliándose allí hasta su muerte.
Con la ejecución del Obispo Acuña, el rey se encontró con un problema que le creó no pocos quebraderos de cabeza, puesto Carlos I fue excomulgado por ordenar el ajusticiamiento de un prelado de la iglesia y así se mantuvo hasta que unos años más tarde, con la ayuda prestada por Carlos I en el saqueo de Roma, el Vaticano se vio obligado a reconciliarse con el rey y devolverle la condición cristiana con todos los honores.

Carlos I de España y V de Alemania
Finalmente, el episodio de la Guerra de las Comunidades de Castilla tuvo unas consecuencias nefastas para la nobleza y las ciudades castellanas, que vieron como perdían poder político y se incrementaba la presión fiscal de forma notable.
Ciudades protagonistas en la revolución, como por ejemplo, Medina del Campo, aparte de quedar arrasadas por el fuego, entraron en una brutal decadencia, viendo como sus famosas Ferias, las más importantes de Europa en ese momento, perdieron fuerza y fueron languideciendo hasta su desaparición.
En cambio, las ciudades y nobles que apoyaron al rey, como el caso del Almirante de Castilla o el Condestable, recibieron cuantiosas indemnizaciones por los daños y gastos producidos.
El movimiento comunero fue condenado al ostracismo hasta hace justo dos siglos, cuando el Gobierno Liberal envió a Juan Ruiz «el Empecinado», con motivo del III Centenario de Villalar, a restituir los honores de los comuneros, a lo que gran parte de las ciudades se comenzaron a sumar.

